La sede principal del ECOAQUA se encuentra en Taliarte, Telde (Gran Canaria), donde cuenta con 5.852 m2 distribuidos en tres edificios, además de jaulas oceánicas en alta mar. El primero de estos edificios se sitúa dentro del Parque Científico Tecnológico Marino (PCTM) de la ULPGC, el segundo es el Módulo Complementario-1 del PCMT, y el tercero es el edificio del Servicio de Acuicultura y Biotecnología de Alta Especialización (SABE) dentro del mismo Puerto de Taliarte, donde también se encuentran las jaulas oceánicas. En estas instalaciones es donde desarrollan su trabajo principal los investigadores adscritos a los grupos GIA y BIOCON.
En el Edificio del Parque Científico Tecnológico Marino se realizan funciones como mantenimiento de ejemplares de diferentes especies de reproductores medregal, dorada, corvina, etc., reproducción y recogida de huevos de las especies, mejora de la reproducción empleando dietas con distintos piensos, control del fotoperiodo, engorde de peces, engorde de peces y bioensayo con bacterias.
En el Módulo Complementario-1 se llevan a cabo labores de cultivo larvario, preweaning, weaning así como cultivos auxiliares de rotíferos, artemia y fitoplancton. También se realiza allí el engorde de juveniles de peces, el engorde de tilapias, engorde de abalón, reproducción de abalón, experimentos larvarios y cultivo auxiliar de diatomea. Las investigaciones desarrolladas aquí como en las instalaciones anteriores, se integran en el servicio prestado por el instituto de Producción de Especies Acuáticas (AQUAEXEL).
En el Servicio de Acuicultura y Biotecnología de Alta Especialización (SABE) es posible localizar laboratorios de cromatografía, bioquímica, histología, calidad, cultivos celulares, biología molecular y análisis de imagen, además de salas comunes a los laboratorios como la sala de microscopía, congelación y centrifugación.
